一太郎事件について

質問

一太郎事件の中で、104条の3の抗弁をソフトウェア会社が主張する際に、新たな証拠を提出していますが、これは問題ないのでしょうか？

例えば、無効審判で現実に争われ審理判断された証拠と違う証拠による審決取消訴訟における主張は認められない（メリヤス編機事件）のような話にはならないのでしょうか？

メリヤス編機事件の場合、専門的知識を有する特許庁の審理判断を尊重し、一審級省略し、特許処分でなく審決の違法性のみを争わせることから、新たな証拠提出は認められないとされていますが、
一太郎事件の場合、地裁が審判にあたるので、適用されてもいいし、でも地裁は専門的知識を有する特許庁でないので適用されないとも考えられて、よくわかりません。

よろしくお願いいたします。