塩基配列の決定

質問

1.コンピテントセルを扱う際、激しいピペッティングはしてはいけず、また氷中で取り扱うことが原則であるのはなぜですか。

2.塩基配列決定法にはMaxam-Gilbert法とSanger法があり、Sanger法はさらに細かく分けると、サイクルシークエンス法、プライマーラベル法、Dye-terminator法にわけられると思うのですが、Sanger法を行うときには、サイクルシークエンス法、プライマーラベル法、Dye-terminator法の3つすべて行うのですか。それとも、この3つのうちから１つを選んで行うのでしょうか。

回答No.1

otx · ベストアンサー

1について、
それはヒートショック用のコンピテントセルについてでしょうか？

もし、そうならですが、
もともとヒートショック用のコンピテントセルは、簡単に言うと
大腸菌の細胞壁を薬品で処理して「柔らかくしてユルユルにしてある」ので、
激しいピペッティングによって大腸菌が結構なダメージを負うからです。

2について
実際にシーケンスをする必要があるのでしょうか？
それとも勉強をするだけなのでしょうか？

もし、実際にシーケンスをするのであればですが、
現在、シーケンスには、ほぼ販売されている「キット」を使うと思います。
ほとんどの場合、汎用されているキットは限られていますので、
そのキットのうちでどれが使いやすいか？どれが信用性が高いかによって選択します。
それがどの原理を使っているのかに依ると思います。

お礼

回答ありがとうございます。
2については勉強するだけなのですが、そのキットのうちでどれが使いやすいか？どれが信用性が高いかによって選択するということなので、Sanger法を行うときには、サイクルシークエンス法、プライマーラベル法、Dye-terminator法の3つのうちから１つを選んで行うと理解してよろしいのでしょうか。

回答No.3

otx

熟考しないとは言いましたが、

どの方法が、より簡便にできるか？については考えます。

例えば、
鋳型DNAの量が少なくて済むか？
解析時間が短いか、長いか？
操作法の煩雑さはどうか？

これらのことと、
正確か？

ということを天秤にかけて、やるといった感じです。

先にあげました参考などで、それぞれのメリットとデメリットを基にして
選択するという感じです。
（ただ、最近は売られているキットを使いますので、あまり考えて実験はしていないのが実情です
シーケンスはそれくらい容易にできる解析となったということです。）

お礼

ありがとうございます。

回答No.2

otx

>Sanger法を行うときには、サイクルシークエンス法、プライマーラベル法、Dye-terminator法の3つのうちから１つを選んで行うと理解してよろしいのでしょうか。

はい、その通りです。

実際の現場では、持っている機械ではこのキットを使わなければならない。
そのキットは～法を基にしている、という感じで
どの方法がベストか？ということを熟考しません。

それぞれの利点等については、こちらを参考にして下さい。
http://www.jpo.go.jp/shiryou/s_sonota/hyoujun_gijutsu/kakusan/0062.html

お礼

ありがとうございます。