ＤＮＡシークエンスのジデオキシ法について

質問

シークエンスの一つであるジデオキシ法について教えてください。
ジデオキシ法では、鋳型ＤＮＡにプライマーが結合しそこから、酵素やdNTAやddNTPで様々な塩基配列が生じて、一番短いものから順に呼んでいけば鋳型ＤＮＡ相補的な配列が読みとれるそうですがこれでは元のＤＮＡの配列を調べたいのに調べてることにならないのではないでしょうか？？頭がこんがらがってしまっています。頭が悪いのでどうか教えてください。

回答No.2

noname#67386

説明不足だったようで申し訳ないです。少々訂正もあります。
＞センサーが読み取るのは相補鎖の配列ならば、相補鎖を更に読みかえなくてはいけないのでしょうか？
あくまでサイクル反応で増えた断片を読み取りますので
シークエンシング反応に用いるプライマーによってはそうです。
先に訂正をすると、PCR反応は5'→3'に進むので、
A.1の「プライマーを相補配列にすれば目的鎖の配列を直接読むことはできます」というのは誤りです。
相補配列にすると→側を読みたいのに←側を読むことになります。

PCRプライマーを設計する際、フォワードプライマーは3'-5'鎖(相補鎖)にくっつくように設計し、
リヴァースプライマーは5'-3'鎖(目的鎖)にくっつくように設計します。
増幅断片はFプライマー+目的鎖、Rプライマー+相補鎖です。

このプライマーを用いたシークエンシングの場合、
フォワードプライマーは目的鎖と同じターミネーションヌクレオチドをつくり、読み取る配列は目的鎖の配列です。
一方リバースプライマーを用いた場合、相補鎖のターミネーションヌクレオチドを形成しますので読み取る配列は相補鎖の配列です。

なのでリバースプライマーをシークエンス反応に用いた場合、解析する際に相補配列に変換する必要があります。

回答No.1

noname#67386

>鋳型ＤＮＡ相補的な配列が読みとれるそうですが
相補鎖の配列がわかればそれでいいのではないかと思いますが。。。
目的鎖はその相補配列なのですから。
どうしてもというならプライマーを相補配列にすれば目的鎖の配列を直接読むことはできます。

補足

回答ありがとうございます！センサーが読み取るのは相補鎖の配列ならば、相補鎖を更に読みかえなくてはいけないのでしょうか？機械が、相補鎖から元々知りたい鋳型ＤＮＡの配列に直してくれるのでしょうか？回答よろしくお願いします。