塩基配列表の読み方

質問

塩基配列表について質問があります。

先日、生物学の授業にて、
塩基配列表（genetyxを用いてプリントアウトされたsequence file）が書かれたプリントを授業で配られ、「プライマーを設定してみよう」と言われたのですが、プリントの塩基配列に関して読み方が分かりません。

プリントには塩基番号１から１０００まで、a,g,c,tからなる塩基配列が記載されています。
この場合、どちら(塩基番号の1側か1000側か)が3'末端になるのでしょうか？
また、通常このように記載されるのは元のDNA鎖の配列なのでしょうか？それとも、cDNAなのでしょうか？
DNAであればセンス鎖、アンチセンス鎖があると思うのですが、どちらなのでしょうか？

因みに、プリントには塩基番号１からttagacccgataagcccgcataatgc・・・・・と書かれています。

回答No.1

MIYD · ベストアンサー

genetyxを用いて作られたプリントならば、
genetyxのマニュアルを見ればわかると思いますが。

>どちらが3'末端
通常は5'→3'の順で書くので、1000側が3'になります。

>通常このように記載されるのは
通常はセンス鎖です。

お礼

課題として提出されたものなので，マニュアルなど無かったので本やインターネットで探したのですが
思うような解説が見つかりませんでしたが
先生にマニュアルを見せてもらうなどしたいと思います。
ありがとうございました。

回答No.2

tiguhagu

ほとんど回答されてしまっていますが・・・
プライマーは、DNA合成酵素がその合成の出発点とするための足がかりみたいなものですから、プライマー設計においてそれがｃDNAであるとか、センス鎖であるとかは関係ないと思います。
だって、非コード領域だって、マイクロサテライトのような可変部が血縁認識には重要で、そのためにプライマーを設計したりしますので

お礼

確かに，本来の目的を考えるとセンス鎖であるとか，cDNAであるとか関係ないですね。

ご指摘ありがとうございました。