Blastの使い方

質問

私自身全然詳しくないために、質問の意図が伝わりにくいかもしれません(>_<)

NCBIで、908のDNAをBLASTにかけたのですが、なぜか20しかシークエンスできません。全てにBLASTをかけるにはどのようにしたらいいのでしょうか？
また、私には全く知識がないためにその他にも助言をいただけるとありがたいです。

分かりにくい質問ですみませんm(_ _)m

回答No.1

guragura77 · ベストアンサー

使い方を知ってる人に見ててもらうのが一番なんですが…
あるいはBLASTのヘルプを見てがんばってもらうとか。queryを入力するページにクエスチョンマーク入りの丸いボタンが山ほどありますが、これをクリックすると簡単なヘルプが出ますし、ヘルプの文末にある"more..."をクリックすれば詳しい入力方法の説明もあります。

質問は、908(bp?)のDNA配列をBLAST(blastnだかtblastxだかそれ以外か分からんが)にかけたが、ResultsのページのAlignmentsでは20(bp?)くらいしか比較されてないように見える、という意味ですか？

Queryの配列とデータベースの配列にそのくらいの領域でしか相同性がないなら、相同性の高い部分しか表示されないのが普通です。20bpしか表示されなくてもおかしくありません。

908(nt?)の配列全体でサーチがかけられているかどうかを確認するには、まずResultsのページの"Color key for alignment scores"と書いてあるちょっとカラフルな部分のすぐ左上あたりを見て下さい。

Query=
Length=908

と書いてあれば908(nt?)の配列が入力されていることになります。
次に"Color key for alignment scores"の枠内のqueryの文字の横の赤い横線を見て下さい。その線の下の目盛りが0から900くらいまで付いてたら、入力した配列全体をサーチに使っていると思ってかまいません。

お礼

遅くなってしまい申し訳ありません!!!
回答本当にありがとうございます!!m(_ _)m

使い方を知っている人が周りにいなくて(;_;)以前にやったことのある人に聞いたのですが、なぜ20つしか表示されないのかは分かりませんでした。
ヘルプを参照にしてみます。

BLASTはxblastです。
908bpではなく、908種類のDNA配列という意味です。説明不足でごめんなさい。