サザンブロット

質問

E.coliをプラスミド抽出したのち直接、電気泳動（0.7% 2H 100V）をし、アルカリトランスファー、免疫発色を行いました(DIG High Prime DNA Labeling and Detection Starter Kit 1を使用)。ラベルＤＮＡの大きさは462bpです。
その結果、2本のバンドが発色しました。
ひとつは問題ないのですが、もうひとつがコームにより開けた穴の位置なのですが、その解釈としてはどう考えたらよろしいのでしょうか？

回答No.1

tatoo

なんらかの理由でDNAがゲルに入りにくくなっていて、単純に泳動がうまくいかなかったDNAがコーム近くに残っているのではないでしょうか？
それを検出している可能性があると思います。

考えられる、ゲルにDNAが入りにくい理由としては
１DNAの分子量が大きい。
２泳動したDNAの純度が悪く、泳動を妨げている（タンパク質など）。
３アプライしたDNAの量が多すぎる

１であればゲル濃度をさげるという事も考えられますが、私は0.6%までしかやった事がないのでわかりません
２であればフェノクロ、エタ沈をやってみるといいかもしれません
３であれば量を減らす
といいかもしれません。