締切済み

DotBlotとサザンブロットの違い

2007/02/27 14:59

トランスジェニックマウスを業者に作ってもらい、トランスジーンが入ったファウンダーが複数取れました。トランスジーンのDosage effectを調べたい実験系で、各ファウンダーのトランスジーンコピー数を調べる為にDotBlotとサザンブロットを平行して行いました。トランスジーンコンストラクトの階段希釈をポジコンとし、トランスジーンをprobeでhybriさせ、期待通りのシグナルが得られています（両方法で）。ところが、サンプルの各ラインのゲノムDNAでは、例えばAラインはDotBlotでは20コピーと見積もられるのに対してサザン法では1コピー。逆にBラインはDotBlotでは5コピーなのにサザン法では20コピー。Cラインに至ってはDotBlotで50コピーあるのにサザンではシグナル0といったように、両方法で結果が一致しないのです。 DotBlotは２回、サザンは３回、independentにやり直したのですが、方法自体の結果は完全に再現性あるので手技によるブレではないと思うのです。このような経験をお持ちの方がいらしたら、どちらの結果を信じた方が良いのか、また、原理は同じ両方法で結果を合わせるコツ等をアドバイス頂けたら幸いと存じます。よろしくお願いします。