サザンブロットの結果について

質問

論文を読んでいて、どうしてもわからなかったのでお聞きしたいです。
同じサンプルを同じ制限酵素（Xba(1)）で処理しているのに、サザン解析の結果では様々な位置にバンドが検出されているというのは、何を表しているのでしょうか？
その後、別の制限酵素（Hind(3)とSst(1)）でも処理を行ない、そのときは、同じ位置にバンドが検出されたと載っていました。
サンプルはGUSレポーター遺伝子を融合したDNAを使用しており、そのGUSレポーター遺伝子にハイブリダイゼーションするプローブを使用したそうです。
サザンブロットの知識があまりないため、わかりにくい質問かもしれませんが、よろしくお願いします。

回答No.3

Dr_Hyper

御聞きした手前、思わず論文を読んでしまいましたよ。。。。

pBISPG上にXbaI, HindIII, SstIが一カ所ずつありますね。＃２さんのお答えに補足の形で言えば、
Genetic transformation of the six strawberry
lines was further verified by genomic Southern blot analysis.とありますから、遺伝子導入（形質転換）したラインが６ラインあり、その遺伝子導入がちゃんとうまく言っているかをサザンでさらに確認したということです。
Hind(3)とSst(1)での処理で一本のバンドが出ているから、このレポーター遺伝子のプロモーターからコーディングまでに異常な組み替え等が起こって発現しないようなクローンになってはいない。とも言っていますね。

お礼

論文まで読んでいただいて、ほんとにありがとうございます。
私がきちんと論文を読んでいたら、わかる事だったみたいで反省です。
でも、自分１人で考えていたら行き詰まってしまってどうしようもなかったんで、ほんと考え方の方向転換をさしてもらえてよかったです。
ありがとうございました。

回答No.2

blackdragon

論文は、目を通していないので、推測です。

まず、同じサンプルといっていますが、おそらく、同じサンプルではないですね。
同じベクターで形質転換しても、染色体上の組込み部位は、様々です。

XbaIで処理した場合は、ベクター上にXbaIサイトが無いか、または１つだけなので、組み込み部位によって違う長さの断片になります。
一方、HindIII, SStIで処理した場合は、ベクター上の２箇所で切れるので、どこに組み込まれても同じサイズの断片が出てきます。

ということでしょう。

お礼

考え方の参考になりました。
同じサンプルでないという事を頭にいれて、もう１度論文読み直してみます。（自分で訳した訳が、間違っているのかもしれませんし。）
ご意見ありがとうございました。

回答No.1

Dr_Hyper

上記のご質問だけでお答えできるかたもいらっしゃるかもしれませんが、

ここで言っている、同じサンプルとはなんですか？
ショウジョウバエのゲノムDNA？
in vitroのリモデリングアッセイ？
サザンブロットは検出方法なので、論文のその実験について補足していただけませんか？

補足

すいません。説明不足でしたね。
GUSレポーター遺伝子を下流に組み込んだAtSUC２という遺伝子の、プロモーターを調べる実験です。
具体的には、イチゴにこのプロモーターを組み込んだプラスミドを持つアグロバクテリウムを感染させ、形質転換体をGUS染色などを行い、調査していました。

サンプルは、このイチゴの植物体からDNAを抽出したものです。

以下のURLの論文です。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=15235813