組換えプラスミドベクターを制限酵素処理する実験から得られることは

質問

実験から自分で判断しなければいけない問題があるのですがよく理解できないのでわかりやすく教えてもらえると助かります。
実験の概要は以下です。
まず、PCR法でE coli LE392の16srRNA部分をターゲットとして増幅させます。その後、(A)プラスミドベクターpBluescriptIIKS(-)と(B)PCR法で増幅させたE coli LE392の16srRNA部分を制限酵素XhoIで処理します。
その後プラスミドベクターpBluescriptIIKS(-)（制限酵素処理済）とE coli LE392の16srRNA部分（制限酵素処理済）を混合させ、ライゲーション反応を起こさせ、プラスミドベクターとPCR増幅部分を結合させます。その後、この混合液をコンピテントセルに挿入し形質転換させます。
ここまでで組換え体を作っています。
その後、コンピテントセルからプラスミドを抽出します。
最終的に生成された組換えプラスミドDNA溶液を(1)XhoIと(2)EcoRIの制限酵素で処理したものをつくりアガロースゲル電気泳動で泳動後、バンドの位置を確認するというものです。
ここで、問題が出てくるのですが、組換えプラスミドをXhoIとEcoRIで制限酵素処理しますがベクターpBluescriptIIKS(-)に対しPCR産物がどういう向き（センス、アンチセンス）で入っているのかを調べないといけません。
どのように考えたらいいのか教えてください。

回答No.1

MIYD · ベストアンサー

上記の実験だけで向きが分かるという実験をしている前提の場合、
EcoRIの制限酵素認識サイトがクローニングした16SrRNAのどこかにあるはずです(多分1箇所)。

pBSのマルチクローニングサイト(制限酵素サイトがたくさんあるところ)にもEcoRIの認識サイトが1箇所あります。

16srRNAの入った向きによって、
*******------(EcoRI)-→*(EcoRI)*******
*******←-(EcoRI)-------*(EcoRI)*******
｛*:pBS、-:16srRNA、(EcoRI)：制限酵素サイト、←：インサートの向き｝
の2種類があります。
これらから出来るフラグメントは、それぞれ、
-→*
-------*
と残りの部分になります。
このサイズを調べることにより、
どちらの向きにクローニングされているのかが分かります。