リアルタイムPCRでの相対定量法

質問

基本的なことですいません。
複数のサンプルにおける相対定量法についてお尋ねします。
サンプルのサイクル数と、ハウスキーピングのサイクル数を得た後、このふたつはどうすればいいのでしょうか。
差を比較するのでしょうか。
それとも、除した数を比較すればいいでしょうか。
同じラボの同僚は、（サンプルサイクル数ーハウスキーピングサイクル数）を計算し、これと、コントロールとするサンプルとの差の絶対値を、２のベキ乗とし、これを比べています。
よろしくお願いいたします。

回答No.2

sachihappy777 · ベストアンサー

No.1です。おはようございます。
増幅効率についてですが、一度検量線をひいてみて確認したほうがいいと思います。
私自身もリアルタイムやってますが、プライマーによって増幅効率がまちまちですので・・
テンプレートを1倍から100000倍に5段階希釈して、Ct値を求めて引くといいです。
自力でひくにはエクセルでできます。
検出系はSYBRですか？プローブですか？
解析ソフトをそのラボに借りることも考えてはいかがですか？

お礼

またまたご回答ありがとうございます。
今回実施してくれた先生は、real-time PCRばかりやっていると言っても過言ではないくらいの先生ですので、手技的には問題ないと思っているのですが…。
ちなみに、検出系はABI Syber Greenというものだそうです。

回答No.3

Chicago243

相対的にしろ、スタンダードを取れば解決するのでは?

増幅効率については、１００％はちょっと無理やりだと思いますよ?

お礼

ご回答いただき、ありがとうございました。
やはり、定量するには、既知のスタンダードを取った上でやった方がいいですよね。
今回は細胞間の比較だけをすればよかったため、スタンダードは使いませんでした。
次回以降、検討いたします。

回答No.1

sachihappy777

差で求めることができますが、2のべき乗とすることができるのは増幅効率100%のときだけです。

リアルタイムPCRの装置があるのなら付属で計算ソフトがついてきませんでしたか？
増幅効率等を補正して値を出してくれると思いますが

お礼

ご回答いただき、ありがとうございました。
増幅効率については、１００％だと思います。
付属計算ソフトについては、装置そのものが、他のラボの借り物なので、ついているかどうか。
一応、腕力で、手計算できました。