プラスミドDNAのコピー数の算出方法が知りたいです

質問

定量PCR（相対定量）でmRNAの発現量を比較したいと思っております。
スタンダードとして、TOPO TAcloning、ボイルプレップにより目的遺伝子のプラスミドDNAを調製しました。
このプラスミドDNAの希釈系列をスタンダードとして使用したいのですが、
その場合、コピー数はどのような計算をすればよいでしょうか？

回答No.1

Dr_Hyper · ベストアンサー

遺伝子解析ソフトみたいなものがあれば簡単だけど，そのplasmidの全配列から算出される分子量がまず必要ですよね。

そこからモル計算をすれば，plasmidの個数がでてくるわけで，それがコピー数です。それが計算できれば1 ng で　何コピーある。と容易に算出できますよね。

気になるのは，ボイルプレップ程度の精製度だと測定したDNAの濃度が多少誤差が生じるかも知れないので，できればキレイに除タンパク，除RNAをして濃度測定するか，泳動して濃度を判定した方がいいと思いますけどね。
折角コピー数まで出すのに，スタンダードの濃度がいい加減なら意味ないですからね。