WBのコントロール

質問

癌の組織や細胞株における、あるタンパク質の発現量の違いをウェスタンで比較しています（強制発現などしたものではなく本来持っているものを調べています）。
ウェスタンでの定量性は厳密なものではないとは言われていますが、一応アクセプタブルな方法だと考えています。
ロードするタンパク量はそろえているつもりですが、念のためインターナルコントロールを置いてノーマライズしようと考えています。
β-アクチンでは癌種によって変化してしまうとのうわさを聞き、α-チューブリンをインターナルコントロールにしようと思っていますが、α-チューブリンも変化してしまうのでは？との不安もあります。
どのようなハウスキーピングタンパク質でインターナルコントロールを取ればいいのでしょうか。
癌種によって変化しないといわれているものがあれば教えてください。
それとも、ロードする量が一定であるとして、ノーマライズする必要なないでしょうか。
教えてください。よろしくお願いいたします。

回答No.1

tatoo · ベストアンサー

私の個人的な意見ですが、どれがインターナルコントロールになるかはケースバイケースであると思います。
私は癌の組織や細胞株において、通常と変化していないということを断言できるものの存在をしりません。
また、断言できる人もいないと思いますが・・・どうでしょうか。
しかしながら、よくつかわれるのはアクチンとチューブリンであり、それ以外をわざわざ見つけるのは面倒です。
ですので、私は、質問者さんの言いたいことと、実際できること、この中で最善を見つける必要があると思います。

私でしたら、タンパク量を合わせて調整したサンプルでアクチンとチューブリンのWBを取りあえずやってみて、どうなるか見えみます。
それでバンドの量が一定だったら、「タンパク量とバンドの量が一緒だからいいかなぁ」と思って採用します。
バンドの量が違ったら「細胞種とかの違いってあるのかもね」と思って採用しません。
その場合仕方がないので、タンパク量を合わせて実験を行ったとして結果を示します。
もしも、タンパク質量を無視して、アクチンやチューブリンのバンドの濃さで調整したサンプル量をアプライしてWBをしたとして、それが常識の範囲内であれば採用するかもしれません。
例えば、タンパク量で合わせて調整したサンプルをアクチンやチューブリンのバンドの濃さで合わせた場合、Aは５μlBは５０μlだった場合、
これはさすがに「細胞種や癌組織で違うんだろうね」と思いますよね。

複数の細胞株を比較する場合、もしかすると細胞数を一定にしてみるとかやってみるかもしれません。

長々と書きましたが、つまり、自分の系でよりよいものを検討して出すべきであると思います。

このようにインターナルコントロールをどうするか、タンパク量で合わせて大丈夫か、とかいろいろ考えてその人が最良と思うものがいろいろあるので、
ウエスタンによる定量性はそこまで厳密でないと私は思います。

お礼

専門家のご意見ありがとうございます。
やはり、これと言った既知のものはないのですね。
自分の手を動かしてみて結果として示しても良さそうな妥当な方法を見つけないといけませんね。
僕としては、僕の知らないインターナルコントロールが存在していると、それだけで実験としては受け入れられないので、ご存知の方がおられればと思った次第です。
ありがとうございました。
参考になります。

回答No.2

qrl

βアクチンの他にというのであれば、GAPDHもよく使われていると思います。

お礼

ありがとうございます。
しかし、GAPDHは癌種によって発現量が変化しないという事実はあるのでしょうか。
やはり比を取って調べないといけないですね。
GAPDHでも検討させていただきます。