アガロースゲルの短DNA断片の分離能について

質問

現在、わたしは５％Nusieve3:1アガロースゲルをつかっています。なぜなら51bpと34bpと17bpのDNA(PCR-RLFP products)を分離したいからです。
　ところがDNA productsがとても短いフラグメントのためなかなかきれいなバンドになりません。（ぼやーーっとしたバンドになります。） DNAは１laneあたり約800ngアプライしています。なにかバンドをきれいに見せるようないいアガロースゲルがあれば教えてくださいませ。卒論前でとても困っていますので宜しくお願い致します。

回答No.1

blackdragon

そこまで短いと、アガロースでは困難でしょうね。
通常は、その長さなら、ポリアクリルアミドゲルを使うのではないかと思います。

SYNER GEL(下記URL、またはTOHOのカタログ参照）は、結構使えますが、50bp以下となると、やはり厳しそうですし。

参考URL：

http://www.bio-craft.co.jp/sinyaku.html

お礼

回答していただきありがとうございます。SYNER GEL で上手くいくか検討してみます。やっぱり５０bp以下は難しいんですね......(ToT)