電気泳動におけるDNAの泳動距離について

質問

いつもお世話になっております。
よろしくお願い致します。

実験で電気泳動を行っているのですが、アプライするDNAが
部分的に1本鎖で、残りの部分が2本鎖となっている可能性があり、
このような場合はどのような泳動をするのか？と疑問に思いました。

具体的に述べますと、アプライするDNAは全長が1.6kbpであり、
1本鎖と思われる長さが0.3ｋbpで、残りの1.3kbpが2本鎖となって
いると考えております。

このようなDNAの場合、
(1)全長分の1.6kbpのところにバンドが出るのか、それとも、
(2)1本鎖領域の存在のために、荷電が少なくなり、結果として1.6kbpよりも上の位置にバンドがでるのか、それとも、
(3)いずれとも異なる位置にバンドがでるのか、と悩んでいます。

1本鎖の立体構造（があれば）も考えると、(3)になるようにも思います
が、全長の80％もが2本鎖であるため、そこまで1本鎖領域が影響を
及ぼすのか？ということにも疑問を感じています。

乱文で申し訳ありません。
どうぞよろしくお願い致します。

回答No.1

owata-www

（２）の可能性が高いですが…、一本鎖の高次構造によっては（特にＧＣリッチだと）思いもよらぬところに出ると思います。