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アガロース電気泳動での染色について
現在EtBrとGelRedでの染色比較実験を行っています。 Low Molecular Weight DNA Ladderをマーカーとして両端に流しているのですが、GelRedで染色した場合は、なぜか各バンドが分離せず、尾を引いてしまいます。 EtBrとGelRedの染色では、分離能にも差が生じるのでしょうか？ 泳動に用いた条件を下に書くので、原因と思われるものがあれば、指摘していただけませんか？ ５％アガロースゲル EtBr・GelRedで、メーカー規定通りの条件でプレ染色 マーカーは各レーン200ngアプライ 泳動バッファーは0.5×TBEで、再利用
- queen_wasp_rika
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- 化学
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質問者が選んだベストアンサー
プレステインの場合、 泳動中のDNAと蛍光物質が結合するため、 移動度が変わり、尾を引く場合があります。 EtBrとGelRedのDNAとのアフィニティーや電荷や、分子サイズなどの違いが影響したのではないでしょうか。 EtBrでも尾を引く場合はあります。
お礼
お礼が遅れて申し訳ありませんでした。 原因はまだ解明できていないのですが、GelRedは使用しないことになりそうです。ありがとうございました。