λDNA/HindIII断片の電気泳動

質問

λDNAをHindIIIで消化後、アガロースゲル電気泳動にかけ、HtBrで染色後、トランスイルミネーターで現像しました（露光時間は２秒）。
理論的には以下の８つの断片ができるので、バンドも８つできるはずなのですが、写真では135bpと564bpのバンドが確認できませんでした。これは何故ですか？
23,130 bp
　9,416
　6,557
　4,361
　2,322
　2,027
　　564
　　125
自分的には、HtBrがDNA断片に結合できる量には限界があり、短い２つの断片には検出できるほどHtBrが結合しなかったのではないかと考えています。

回答No.1

geneticist12 · ベストアンサー

EtBrの染色強度はDNAの重量と比例関係にあります。EtBr染色によるDNAの検出限界はおおよそ1 ngで、それより少なければ見えません。同じ分子数なら短いDNAほど重量が小さくなるため、染色強度は弱くなります。

あるDNA分子（この場合λDNA）を制限酵素で完全消化すると、各断片の分子数は同じ（最初に投入したλDNAの分子数と同じ）になりますね。同じ分子数なら断片の長さと重量は比例します。例えば100 ngのλDNA（全長約50 kb）の HindIII消化を泳動すると、23 kbのバンドは100 ng x 23 kb/50 kbでおおよそ50 ngに相当するのに対し、0.6 kbのバンドは100 ng x 0.6 kb/50 kbでおよそ1 ngでほとんど検出限界に近いです。

ちなみに、DNAの簡易的な定量法として、サンプルとλDNA HindIIIを同時に泳動して、λDNA HindIIIの各バンドの濃さと比較するというのをよくやります。

お礼

回答ありがとうございます。
とても分かりやすく、適切な回答で助かりました。