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ゲノムDNA考察について

Total RNAを合成したcDNAをテンプレートとし得られたPCR増幅産物を電気泳動にて確認したところ目的サイズ(450bp付近)にバンドが得られたのですが、目的のすぐ上(500bp付近)にもバンドが出てしまいました。 考察としてDnase処理不足によるゲノムDNAが表れてしまったと書いたのですが、増幅産物のサイズを根拠に考察を書くように言われました。 ちなみに時間がなく再度Dnase処理、シークエンス解析はできません。 どのように書いたらいいでしょうか・・・

みんなの回答

  • Drgorilla
  • ベストアンサー率44% (52/116)
回答No.2

(少なくとも増やしたいcDNA近辺の)ゲノムがわかっているのであればプライマー配列から増幅産物(ゲノムDNA)のサイズを推定できますよね?

回答No.1

どんな遺伝子でどんなPCRなのかわからないのでなんとも言えませんが・・。 Alternative SplicingによるSplice Variantの可能性はありませんか? 根拠を明確にと言われると、それが一番ありえそうな気がします。

topguniwa
質問者

補足

説明不足で済みません。 とある理由で500bpがゲノムDNAとわかっているのですが、諸事情で現れた増幅産物の位置だけを根拠に書かなければならないんです。