ライゲーションって？？？

質問

ベクターには最適インサートのサイズがあるのは何ででしょうか？
直感的にはきってつなぐだけなので、物理的には長さは関係ないと思うのですが。
またライゲーションを行うことを予定していますが、短いインサートから先に挿入されていくのはなぜでしょうか？
調べたのですが、わからないので教えていただけないでしょうか？

回答No.1

blackdragon · ベストアンサー

ベクターによって、DNA複製の仕組みや、複製されたDNAを娘細胞に分配する仕組み、細胞当たりのコピー数などが異なります。

したがって、コピー数は多いが、長いDNAを確実に複製して分配する仕組みを持たないベクターは、短いインサートには適していますが、長いインサートには適していません。（pUCタイプ等)

一方、コピー数は少ないが、長いDNAを確実に複製し、確実に娘細胞に分配する仕組みを持ったベクターは、長いインサートに適しています、

さらに、ファージベクターですと、ファージ粒子中にパッケージングされる必要がありますが、この際、パッケージングの効率は、DNAが長すぎても短すぎても下がってしまいます。

必ずしも、ライゲーション時に短いインサートから先に挿入されるとは限りません。
しかし、プラスミドベクターの場合、長いほど形質転換の効率が落ちるため（エレクトロポレーションだと影響が少ないですが）、短いインサートが入る率が高くなり、見かけ上、短いインサートから先に挿入されるように見えるのでしょう。
もちろん、あまりに長いと、末端同士が出会う確率が減るでしょうから、ライゲーションの効率も落ちると思いますが。