Btau 2.0って何ですか？

質問

「CD1」という遺伝子の「牛」でのオルソログを探した論文を読んでいるのですが、それによるとまずネット上の遺伝情報データベースを使って、オルソログ候補をを数個同定したとあります。しかし、そのために行っている方法がどうにも理解できません。

In a preliminary assembly of the bovine genome (Btau 2.0), with 6×coverage, (available at <www.ensembl.org>), searches were performed with the α1, α2, and α3 domains of all human CD1 isoforms.This revealed the presence of one boCD1A gene, four boCD1B genes, two boCD1D genes, one boCD1E gene, and two incomplete boCD1B gene sequences.

いくつかの単語がまず意味不明です。

Btau 2.0？、　6×coverage？

Ensemble側で予想したオルソログ候補を参考にしたりもしますが、自分で解析して地道にゲノム上からオルソログ候補を探す作業にはなじみがなくて、とっかかりさえ掴めません。

BLASTでなんとなく探すことはできますが、論文に記載できるレベルの正式な方法をこの論文から知りたいと思ったわけです。

どなたか簡単な流れ、または使用法についてなじみのある方はいらっしゃいませんでしょうか？

よろしくお願いします。

回答No.1

Fiorina · ベストアンサー

Btau 2.0
Bos taurus(ウシ)のデータベースのver.2.0の意味です。

6x coverage 1カ所につき6回程度配列決定をした（程度の確からしさ）という意味です。

>BLASTでなんとなく探すことはできますが、論文に記載できるレベルの正式な方法

はおそらくないと思います。あれば他の方の回答でお願いします。
オルソログを自動的に判別する方法を開発すること自体が研究の対象となるのでは。もちろん最近では、BlastのさまざまなアルゴリズムやEnsembleのゲノム情報が充実していますので、昔に比べるとオルソログ候補を比較的簡単に見つけることは可能になりましたが。
　論文に載せられるレベルの解析では、他の種にどのような類似遺伝子があるかを調べ、さらにそれらを含めた上で、アラインメント作製し、さまざまな方法(NJ, ML等)で分子系統解析して検定結果を合わせ樹形と遺伝子重複を確定してからオルソログかどうかを判別します。系統解析にはDDBJのCLUSTALWサイト等を利用します。

お礼

丁寧なご回答ありがとうございます。
おかげさまで目からうろこが落ちました。
自分の未熟さが恥ずかしい限りです。

もう一点お伺いしたいのですが、

6x coverage 1カ所につき6回程度配列決定をした（程度の確からしさ）

の「配列決定」とは具体的にどういうことか教えていただけないでしょうか？その作業はEnsemblで行えるのでしょうか？

重ね重ね申し訳ありません。
ご迷惑でなければご教授いただければ幸いです。

回答No.2

Fiorina

>6x coverage 1カ所につき6回程度配列決定をした（程度の確からしさ）
の「配列決定」とは具体的にどういうことか教えていただけないでしょうか？その作業はEnsemblで行えるのでしょうか？

Ensemblで行うことはできません。配列決定は、クローン化したゲノムDNAをキャピラリシーケンサーを用いてサンガー法によって蛍光シーケンスして決定したものです。簡略化すると、ますゲノムをランダムに断片化してクローン化し、ランダムにシーケンシングします。得られた莫大な数の配列にはすこしづつ重ね合わせ部分がありますのでコンピュータで重ね合わせ部分を解析しながら一列に並べる（アセンブル）してひとつながりの配列（contig)に直します。（実際にはすべてのゲノム配列を一度に断片化するわけではなく重複をもつクローンにいったん分けてそれぞれについて断片化したりもします。）最終的にはコンピュータ上でひとつながりの染色体配列情報にまとめあげ、自動プログラムでのサーチの結果を加えて利用し易くした上でデータベースとして公開します。さきほどのアセンブルの際のデータ数が多いほど一カ所あたりの平均重複回数が多くなり最終的なデータベースの正確性が高いということになります。6x coverageはその回数が平均６回という意味であり、かなり正確度は高いといって差し支えないと思います。正確度が低く、全体の整列の確からしさも低い状態でもデータとして利用価値がありますのでドラフトシーケンスとしてデータベース公開されます。そのようなデータベースにはEnsemblでは名称の前にPreと付けられています。

お礼

大変詳しい説明をありがとうございました。

6×coverageの配列データのみを利用したということですね。
ちなみにアセンブリの意味を複数の塩基配列のホモロジーをみることと勘違いしていました。。。先が思いやられます。
本当に助かりました。
先日まで悶々としていたのが嘘のような気持ちです。