アガロースとLBプレート

質問

電気泳動に使うアガロースはどれくらいの温度で固まるのでしょうか？
ゲルを作る時かなり熱いのですが火傷しそうです。
ある程度冷やしてからやるもんなんですね。

また、大腸菌をLBプレートに撒く前に暖めます。
その時、コロニーに似た
透明の気泡ができることがありますよね？
これは何故なんでしょうか？

回答No.4

MIYD

切り出し用のゲルと書いたのは、
電気泳動後にDNAを回収するためのゲルで、
染色を泳動の前後のどちらにするかは人次第です。
人によっては、次の操作に他のDNAのコンタミを避けるために、
毎回新しいゲルを作っています。

ゲルの保存はTAEにEDTAが含まれていますので、
室温保存でも雑菌は繁殖しませんが、
TAEに漬けて冷蔵保存にしたほうが長持ちするの信じている人が一部にいます。
また、一緒に冷やされているTAEを泳動に使うことにより、
漬けるためのTAEを循環させると同時に、
泳動がきれいになります。

回答No.3

MIYD

50℃の三角フラスコを手で持てるかは人次第です。
私は持てますが、持てない人もいます。

そもそも溶けたアガロースが入っている容器を
素手で持とうとするのが間違いです。
2つ折にしたキムタオルか何かで持てば沸騰している時も持つことが出来ます。

短い時間で作りたいのでしたら、
2Xで作って、室温のバッファーで目的の濃度にすると同時に冷まして、
低温室であらかじめ冷やしているトレイに注げば、
15分位で使えます。
制限酵素の切断チェック用のゲルでも、
処理を始めてからゲルを作り始めて、
溶かすのに10分、固めるのに余裕を見て20分かけても、
30分間制限酵素処理をしたサンプルを流すことが出来ます。

作りたてのゲルが必要な実験ではない場合、
あらかじめたくさん作って、TAEなどの中で冷蔵保存すれば、
1~4週間位は使えます。
私は制限酵素やPCRのチェック用だけでなく、
切り出し用のゲルも作り置きしていました。

お礼

切り出し用のゲルとはUVを使わずに切り出せるやつですか？
色が付いたゲルでしょうかね。
TAEにつけるだけでは駄目なんですか？
冷蔵は特にしていませんが。

回答No.2

Dr_Hyper

邪道ですが、何か作業をしながら片手間に行う方法です。
瓶の中にスターラーチップを入れておいて、buffer とagaroseをいれて電子レンジで沸騰させます。この時電子レンジではスターラーチップから加熱され突沸しないので、もしお使いの電子レンジがかけっぱなしで温度感知で止まるものであれば、沸騰するかどうかずっと見張ってなくても大丈夫です。しっかり溶けたら、紙タオルを一枚引いてスターラーでさめるまでかき混ぜます。No.1さんのようにbufferを足すのもよし、強力なスターラーであれば、水の入ったビーカのなかに瓶を入れてかき混ぜると強烈に早く冷えます。（瓶が割れるかもしれないので注意）
LB plateの気泡はさますときなどにかき混ぜすぎると多くなります（気体がとけ込むのかな）。これもスターラーチップごと滅菌して、さめるまでスピードを調節しながらまでかき混ぜることで泡をかまずにさますことができます。でも使い残したものを保存しておいたりする際にチップを独り占めするので、まわりのメンバーの冷たい目に注意！

回答No.1

MIYD

私は50~60℃のWBに入れて冷ますか、
X2の溶液を作って、等量の室温のバッファーを入れて温度を下げてから流し込んでいます。
ゲル枠は高温にも耐えるものがありますので、
その場合は溶かしてすぐに流し込んでも大丈夫です。

ゲル化する温度は使っているアガロースの説明書に書いてある温度とほぼ同じだと思います。
http://bio.takara.co.jp/catalog/catalog_d.asp?C_ID=C0392

>LBプレート
ゲル中に溶け込んでいた空気が出てきたのではないかと思います。

お礼

50℃くらいなら手で容器を持って注げますかね？
沸騰させないと寒天は溶けないので
溶かした直後は熱いですよね。

また、完全に固まるまでどれくらい時間がかかるかご存じですか？