AGPC法の原理

質問

AGPC法でRNAを抽出する際に、RNAが水層に、DNAがフェノール層に移行する理由は一般的にリボースの－OH基に注目して述べられていますが、以下のような記述を見つけました。

「ただ、そのことは、RNA の方が DNA よりも親水性が強い ことを示してはいるものの、”酸性の条件下で” フェノール／クロロホルム抽出をしたときに DNA が有機溶媒層に行くことの説明としては不十分です。実際、中性でフェノール／クロロホルム抽出を行うと DNA は水溶液層に行きます。なぜ ”酸性” だと DNA が有機溶媒層に行って RNA が水溶液層に行くのか」

考えてみたのですが、他になにも思い当たりません。
教えてください。

またクロロホルムをなぜ添加するのかも教えていただければ助かります。

回答No.1

geneticist12 · ベストアンサー

核酸はリン酸基をもつ弱い酸です。中性付近ではある程度電離してイオン化するので極性が強まります。しかし、溶媒が酸性だと弱酸は電離度が低下し極性が弱まります。この状態ではDNAは水相に溶けるだけの十分な極性が保てなくなります。一方、RNAはリボースの水酸基や対合せず裸のままで残っている塩基があるため水相に溶けるのに十分なだけの親水性が残るのでしょう。

ふつう、水相とフェノールは乳化はしても、静置しておいたり遠心したりすると分離しますが、グアニジンや界面活性剤が入った水溶液は完全に交じり合って分離しません。 AGPC試薬はこの状態です。これにクロロフォルムを添加すると有機溶媒相の疎水性が高まり、水相と分離するようになります。