RT-PCRをするためにRNA抽出をしています。フェノールの後のクロロ

質問

RT-PCRをするためにRNA抽出をしています。フェノールの後のクロロホルムは極性の差を大きくして、水層と油層に分けやすくするためと書いてあったのを見たんですが、この場合のクロロホルムと、本によく載っているフェノール抽出の後のクロロホルム抽出とはまた違う意味なのでしょうか？よろしくお願いします。

回答No.1

tnlu · ベストアンサー

ご存知かもしれませんが、フェノールはタンパク質を変性させる疎水性物質で、
細胞膜も破壊します。
私はTRIzolを使っていましたが、柔らかい組織ならvortexでかなり懸濁できます。

フェノールは疎水性とはいえ、OH基があるため若干の水溶性があります。
なので、フェノールと水を混ぜて遠心すると二層に分かれますが、水層にも多少溶けています。フェノールは変性作用があるため、後々のＰＣＲ等の酵素反応を阻害してしまいます。
フェノールを使ってタンパク質を変性させ、タンパク質の疎水基を露出させることによって中間層に集めるわけですが、後のことを考えてできるだけフェノールは水層から取り除きたいわけです。

クロロホルムにはフェノールのような変性作用はありませんが強力な疎水性物質なので、フェノール＋水の溶液に加えるとフェノールを疎水層にほぼ完璧に溶解させることができます。

なのでRNA抽出でもDNA抽出でもクロロホルムの作用はその強力な疎水性でタンパク質を
中間層に集める作用（これはフェノールでも可）とフェノール自体を水層からできるだけ
除去するという作用があるのだと思います。

お礼

詳しい説明どうもありがとうございました！機会があればまたよろしくお願いします。