prerunの意味

質問

お世話になります。
ABI 377 DNA Sequencersでpolyacrylamide gel電気泳動をする際に、runの前に10分程prerunをしますが、このprerunは何の為にするのでしょうか？
宜しくお願い致します。

回答No.1

Pynden · ベストアンサー

TEMED,過硫酸アンモニウムなどの重合開始剤や未反応のモノマーもしくは低分子量の重合物を除去するためではないかと思います。
アクリルアミド系ゲルのＤＮＡシークエンシングにおいて、高分子サイズのＤＮＡオリゴマーは高次構造をとるため、ゲル上での見かけの分子サイズが小さくなる現象が見られます。
このことから、できるだけＤＮＡと相互作用する可能性のある不純物を除去するためだと思います。

お礼

ありがとうございます。
なるほど、こういう意味なのですね。
ABI377の説明書にも理由が書かれておらず、同僚も理由を知らずにやっていました。

下記のページを見つけましたが、Pre-runのところで
「Pre-runはゲル作成時に発生したラジカルを除去し、かつゲルを還元状態にするために行います。」
とありますが、これも同様の事を言っていると思っていいのでしょうか？
http://www.osaka-med.ac.jp/deps/phy/RFHR(protocols).htm

回答No.2

Pynden

>Pre-runはゲル作成時に発生したラジカルを除去し、かつゲルを還元状態にするために行います。

そうですね。この理由も大きいと思います。ＤＮＡには蛋白質のような -SH基はありませんけど、ラジカルがあると悪影響があると思います。

ちなみにprerunなしにやったことありますけど、そんなに変わりませんでした。

プロトコール通りにやった、ということでいいんじゃないでしょうか。

お礼

ありがとうございます。
こちらの理由もあるのですね。

＞ちなみにprerunなしにやったことありますけど、そんなに変わりませんでした。

そうですか。
うちのところでも、Prerunを1～2分でやめてる人もいます。
でも私はプロトコール通りにやってみます。