DNA合成反応時にddATP、ddTTP

質問

DNA合成反応時にddATP、ddTTP、ddCTP、ddGTPのいずれかを添加し、DNA合成反応をランダムに停止させ、DNA合成反応後のサンプルを電気泳動した。その結果を画像のの図に表す。

この結果から推定される、下記DNA鎖の「？」部分の配列を、5’側から、書いてください。
すみませんが問題の意味もよくわからないので、答えにたどり着くまでの過程の解説もよろしくお願いします。

「3’‐【 】？？？？？？？？？？？？（？は12塩基分）‐5‘」の、【 】部分に相補的なプライマーを用いて、ジデオキシ法による塩基配列の決定を行った。

回答No.2

Dr_Hyper · ベストアンサー

これは初期に用いていたDNAのシークエンス反応で，実際のこのようにバンドをしたから順番に読んでいくことで塩基配列を同定していました（正直私の世代は経験していないのですが）。
泳動は短いDNA鎖が同じ時間内では下まで流れます。それはゲルが編み目のようなもので，その編み目のくぐりやすさは短さに比例するからですよね。

なので一番下から読み上がれば
TCGGTATCATCGという順番に配列はよめますよね？下から階段を上がってくれば良いのです。
ddNTPで反応が停まると言うことは，ddTTPで出たバンドはTでその反応が停まったと言うことです。
それが一番始め（下）にあるということはプライマーの直後の配列はTが入るべき配列だったと言うことです。（鋳型のほうは当然Aですよね）つぎはddCTPで反応がとまっているので，入るべきはCだったということで，つまり鋳型はGそうやって配列を並べていくだけなのですが，

問題文の「3’‐【 】？？？？？？？？？？？？（？は12塩基分）‐5‘」の、【 】部分に相補的なプライマーを用いて、ジデオキシ法による塩基配列の決定を行った。
の【 】が正直よくわかりません。
問題文は?がテンプレートの部分を指し，【 】はprimerの張り付く領域の省略なのであれば，TCGGTATCATCGは，鋳型上に合成された配列なので，この問題の?の相補鎖の配列が正解と言うことになります。
つまり答えはTCGGTATCATCGの相補鎖を5'からよむと相補鎖をひっくり返すので

CGATGATACCGA
が正解となると思います。

お礼

途中の過程もわかりやすく説明してくださり、理解しやすかったです。ありがとうございました。

回答No.1

lupin__X

この分野は、知りませんでしたが、この回答のため、
5分ほど勉強しました。

線は12本。
ddATP,ddTTP,ddCTP,ddGTP が合成に取り込まれると
そこで合成は進まない。1番目で止まるのは一番軽いもの。
軽い方が動きやすいはずで、動いた方から読めばいい。
たぶん、下がよく動いたのでしょう。下から読むと
1:ddTTP,2:ddCTP,・・・

TCGGTATCATCG