PCRにおけるプライマーの作り方

質問

ＰＣＲ反応において、例えば、5'末端からcactgtccttctgccatggcとgcaactagacgcagcccgcaとｍＲＮＡが並んでいて、これら二カ所をプライマーとして用いた場合二つのプライマーの塩基配列はどうなるのでしょう？？それぞれに相補的な塩基配列になるのでしょうか？？

回答No.1

kokichi · ベストアンサー

質問文の意味がわからない部分もありますが、
5'-cactgtccttctgccatggc-3'　n×k　5'-gcaactagacgcagcccgca-3'の領域をPCRで増やしたい場合、設計すべきプライマーは
forward 5'-cactgtccttctgccatggc-3'
reverse 5'-tgcgggctgcgtctagttgc-3'
です。

それと、mRNAにtという配列は存在しません。

お礼

ありがとうございました。
ｍRNA じゃなくて、ｃＤＮＡでした。
とんちんかんな質問に丁寧に答えてくださってありがとうございました。

回答No.2

kokichi

No1のものです。
下のプライマーでアニーリング温度を60℃でやれば大丈夫と思いますが、万全を期すならreverseのプライマーのTmを少し下げるよう工夫したほうがいいかもしれません。
ちなみに下のプライマーforwardのTm62.2、reverseのTm66.6です。