プライマーダイマー

質問

ネット上にある、プライマー計算ソフトで計算すると、プライマーダイマーを形成すると出てきました。
このような場合、そのプライマーは100％プライマーダイマーを作ってしまうのでしょうか？
また、どうしてもそのプライマーを用いたい場合、プライマーダイマーを形成しにくい実験方法がありましたら教えてください。
※KODを用いたPCRを行う予定です。

回答No.1

noname#250373 · ベストアンサー

２本のプライマーが100%マッチでしたら、まず100%ダイマーを形成します（が、そこまでひどい例は少ないでしょう）。
逆に、ダイマー形成に寄与する塩基が少ない程ダイマーができにくくなります。

クローニングなどで、そういったプライマーを使わざるを得ない場合もありますよね^-^;
そういう時は、以下のような対処が考えられます。

(1) PCRのアニーリング温度を高めに設定
(2) その他、PCRの条件を厳し目に設定(Mg++少なめなど）
(3) テンプレートを多めに入れる
(4) DMSOを少量添加
(5) 対象がgenomicDNA/cDNAといった場合、Nested PCRで増幅対象を絞り込んでおく
（＝対象より外側にまともなプライマーを別途設計しPCR, 増幅産物を使ってプライマーダイマーの心配があるプライマーで再度PCR)。

他にもあると思いますが、基本こんなかんじでしょう。
私ならまずは試すだけ試してみて、結果を見て考えます。
うまくいくと良いですね！