遺伝子のORFより上流の領域の検索について

質問

遺伝子の相同性検索ですが、コード領域はDDBJなどでホモロジーサーチをかければよいのですが、ORFより上流の領域（プロモータ配列）などはどこかにデータベースがあるのでしょうか。
ある遺伝子の上流を単離したのですが、どういうモチーフがあるかなどを知りたいのです。（どこにTATAboxがある可能性があるか、などの情報が欲しいのです）
ご存じの方おりましたら、よろしくお願いします。

回答No.1

robita · ベストアンサー

sabakanさんこんにちは。

　急ぎのようですね。

　プロモーター関連はあまり詳しくないのですが、
TFSERCH: Transcriptional Factor Search
TFBIND: Transcription Factor BINDing sites
を使用してみてはいかがでしょうか？

「分子生物学研究用ツール集」からいけますよ。

　なにか疑問点がありましたら、補足欄に書き込んでください。（ただ、プロモーターについてのことは不慣れなので回答できないかもしれません。）

お礼

ありがとうございます。
とても役立ちました。
（TFSERACHはその配列部分が転写因子を生成する部位の検索に、TFBINDはその配列部分を転写因子が認識して結合する部分の検索に用いることができる、と考えてよろしいのでしょうか？また、早速使ってみましたが、TATAボックスなどの候補になる配列はやはり自分の目で見てみるしかないのでしょうか？お手数ですが、もしご存じでしたらお教えください。）

回答No.2

robita

sabakanさん

　TFBINDならTATA boxなどの位置は把握できると思うのですが。
>TFBIND : Software for searching transcription factor binding sites (including TATA boxes, GC boxes, CCAAT boxes, transcription start sites (TSS)).

　あと、自分でモチーフを探したい場合は「YEBIS」が使えるのではないかと思います。ただ、こちらのほうは登録が必要で私も使用したことがありません。

　TFSEARCH、TFBINDも研究室で自分のグループに割り振られた学部生、M1相手の教育用に言及した位で研究用には使用していないです。探せば、もっと良いデータベースがあるのかも知れません。sabakanさんが急ぎのようなのでレスを付けてみた次第です。

お礼

たびたびご丁寧な返信、ありがとうございました。
TATA配列なども見いだせました。
（うっかり見落としてしまっていました。m(_ _)m )
重ね重ね御礼申し上げます。