ベストアンサー NCBIでプロモーター領域の検索方法 2006/05/22 11:15 質問です。 ある遺伝子について、既に報告されているプロモーター領域があります。 これをNCBIやMGI等のデータベースで検索する手順を知りたく思います。 どなたかご存知でしたらよろしくお願いします。 みんなの回答 (1) 専門家の回答 質問者が選んだベストアンサー ベストアンサー wa7779 ベストアンサー率53% (46/86) 2006/05/23 23:24 回答No.1 自信はありませんが,これで調べられませんでしょうか. 参考URL: http://dbtss.hgc.jp/cgi-bin/home.cgi?NMID=NM_015208 質問者 お礼 2006/05/29 11:08 ありがとうございました。でもちょっと分からない、ですね。 広告を見て全文表示する ログインすると、全ての回答が全文表示されます。 通報する ありがとう 0 カテゴリ 学問・教育自然科学生物学 関連するQ&A プロモーター領域 ある既知のタンパク質遺伝子のプロモーター領域の配列を知りたいというときにはどのように検索すればよろしいのでしょうか。 タンパク質そのものの配列までは調べられたのですが…その後がよくわからなくて。 プロモーター領域について 現在、研究でとある遺伝子のクローニング実験を行っています。その遺伝子は、NCBIで調べ、その遺伝子の塩基配列が図示されました。その遺伝子の転写開始部位から下流に-10bpぐらいのとこからリバースプライマーを設計し、レフトプライマーを上流500、1000、2000bpで設計しました。なぜその遺伝子のプロモーター領域を増幅させるのでしょうか? また、DNAの転写因子の結合部位予測を調べる理由はなんなんでしょうか?プライマー3というサイトでプライマーデザインを行い、そこに表示されたプライマーを色々いじくり使用しているのですが。 プロモーターについて プロモーターについていくつか質問させていただきます。長文失礼します。 (1)ある遺伝子があります。そのmRNAの発現は器官特異的です。ということはその遺伝子のプロモーターは器官特異的プロモーターといえるのでしょうか? (2)ある遺伝子があります。その翻訳開始点(ATG)より上流の配列をプロモーターのモチーフ検索にかけて、どういうモチーフが上流にあって、いつ発現しそうなのか予想しようとしました。この時上流はどこまで調べればいいのでしょうか?ある程度の長さで行った結果かなりの数のモチーフが該当しました。これら全ての配列がその遺伝子のプロモーター領域として重要なのでしょうか?シス配列の向きは関係してくるのでしょうか? 以上です。 宜しくお願いします。 天文学のお話。日本ではどのように考えられていた? OKWAVE コラム SNP データーベース ある遺伝子のプロモーター、エクソン領域のSNP解析をおこなうことになりました。 そこで、NCBIよりSNP情報を得ようとアクセスしたのでしたが、出てきた情報には非翻訳部位と一部のイントロンとエクソンの情報のみで、プロモーター領域に関しては情報を得ることが出来ませんでした。 そこで質問ですが、NCBI以外のSNPデーターベースでプロモーター領域まで網羅(エクソンなどの情報量も多ければなおいいのですが) しているサイトはないのでしょうか? ご存知の方がいらっしゃったら、教えてください。 できれば、簡単な使い方も教えていただけたら幸いです。 遺伝子のプロモーター領域とメチル化に関する質問です プロモーター領域の中でも,特にヌクレオソーム非存在領域(nucleosome-depleted region: NDR)のメチル化が遺伝子発現の抑制に関与しているという説明文を見たのですが,『ヌクレオソーム非存在領域』の意味がいろいろ調べてみた結果よく分かりませんでした(調べ方が悪いのかもしれませんが,なかなか見つからなくて…) これはどういう領域を指しているのでしょうか? ご存知の方がいらっしゃいましたらご教示お願いいたします. 遺伝子のORFより上流の領域の検索について 遺伝子の相同性検索ですが、コード領域はDDBJなどでホモロジーサーチをかければよいのですが、ORFより上流の領域(プロモータ配列)などはどこかにデータベースがあるのでしょうか。 ある遺伝子の上流を単離したのですが、どういうモチーフがあるかなどを知りたいのです。(どこにTATAboxがある可能性があるか、などの情報が欲しいのです) ご存じの方おりましたら、よろしくお願いします。 NCBIでの検索 NCBIを検索するとATCC11842の全ゲノムの解析がされているようで、非常に多数の遺伝子の塩基配列が出てきました。そこでなんですが、この場合、16S-23SrRNAスペーサー領域の塩基配列も分かるのですか?また、分かる場合は、その調べ方も知りたいです。よろしくお願いいたします。 プロモーター解析 全くの素人です。遺伝子工学ハンドブックを購入しだいそちらも参考にしますが、今はまだないので教えていただければと思います。 レポーター遺伝子つきのベクターに調節領域を挿入して対象細胞での発現を見る方法は分かったのですが、その他の方法で混乱してしまいました。S1マッピングという方法がありますが、参考書の図を見ても理解できませんでした。これは、プロモーター領域を含む5'プローブでmRNAとハイブリダイズさせた後、S1で切ってハイブリダイズした部分だけを電気泳動しているようですが、プローブをDNA上の調節領域とmRNAコード配列の境界となるように設計して、電気泳動でのサイズからその部位(転写開始点やスプライス部位など)を調べるということで良いのでしょうか?この場合は当然転写調節の標的となるmRNAを用いると思いますが、レポーターアッセイの場合はこのmRNAがGFPやルシフェラーゼになっている訳ですよね? また電気泳動でサイズが分かったら、標的調節領域に変異を導入して詳しい機能を調べるという手順でしょうか? 実験せずに想像で書いていますので、誤りを指摘して下さると助かります。 配列検索の仕方 dopachrome tautomerase遺伝子のプロモーター領域の配列を手に入れたいのですが、http://genome.ucsc.eduで探せるとのことなんですが、探し方が分かりません。どなたか教えていただけませんか? 遺伝子のプロモーターの転写因子結合サイトの検索方法 ある遺伝子がどのような転写因子によって制御されているか知りたいのですが、遺伝子の名前だけで制御に関与する転写因子を予測してくれるようなサイトはあるのでしょうか? あるいは、ある遺伝子のプロモータ領域の塩基配列を調べて、TESSなどの予測サイトで検索する方法を取る場合、どのようにしてプロモータ領域の塩基配列を入手すればよいのでしょうか? よろしくお願いいたします。 ある刺激による既知の遺伝子発現の検索について ここでいいのかわからないのですが質問させてください。 ある刺激をした際に変化する遺伝子で既知なものはたくさんあると思うのですが、それらのデータベースはありますか?PubMedで検索して報告を探すしかないのでしょうか? シス配列の解析について 私は大学である植物の遺伝子の機能解析を行っています。 遺伝子の情報を少しでも得るために、データベースを用いてこの遺伝子のプロモーター領域のシス配列について調べました。 すると多くのシス配列があることが分かりましたが、しかしこのデータのどのようにまとめたらよいかよくわかりません。このようなデータをまとめる方法で有効な方法がありましたらご教授ください。よろしくお願いします。 日本史の転換点?:赤穂浪士、池田屋事件、禁門の変に見る武士の忠義と正義 OKWAVE コラム 遺伝子解析 ある論文で、「NCBIのGenbankデータベースで現在利用できる71のLactobacillus菌株のtuf遺伝子配列を解析することで、プライマーを作成した」とあります。ところが、試しにNCBIで「tuf lactobacillus delbrueckii」とうちこんでも20ほどしか検索結果がありませんでした。一体どういうことなのでしょう?教えて下さい。 遺伝子の(-/-)の意味 基本的なことだとは思いますがわからないため教えてください。 遺伝子のプロモーター領域(-409/-41)という 表記がでてきたのですが (-409/-41)はどういう意味を表すのか教えてください。 よろしくお願いします。 非翻訳領域の塩基配列 翻訳領域既知の遺伝子の、上流の非翻訳領域の塩基配列を検索する方法を教えてください。 swap領域 swap領域を確かめるにはどのようなコマンドを打てばよいでしょうか? また、swap領域を増やすにはどんな手順でコマンドを打つ必要がありますでしょうか? ご存知の方、よろしくお願いします。 遺伝子のモチーフサーチについて 遺伝子のコード領域のATGより上流領域を単離してきた場合、その上流領域にどんなモチーフがあるかどうかをみるために、適したデータベースサイトはあるのでしょうか。 いろんなデータベースでモチーフ検索があるようですが、だいたいがアミノ酸でのモチーフ検索で、ATGより上流領域のアミノ酸に変換しようがない領域(たとえば、TATAボックスを含む領域など)のモチーフの検索は、どうすればいいか、よくわかりません。 chrome 画像領域 chromeのトップ画面で タブ領域まで画像が表示されています。 検索画面に変わっても、タブ領域に画像が残ってしまうのですが設定で消せませんか? 素人の為 手順を教えて下さい!! 配列、長さが未知intronのシークエンシング どこを探してもわからなく、最後の頼みとして質問させていただきます。 実は、ある遺伝子の5'-上流域3 kbをPCRで増やしたいのですが、どうしても内部特定の領域(100 bp程)が増やせません。具体的に言うと、1-2500までと2600-3000は増やせるのですが、2500-2600がどうしても増やせません。NCBIの配列を基にしており、その配列をBLASTで検索すると、やはりその100 bpがぽっかりと適合しません。そこでNCBIが間違っており、もっと長い配列が埋まっていると考えロングPCRを行いましたが、うまくいきません。そこで以下の二点についてご存じの方、教えていただけないでしょうか。 (1)Intronの未知配列(両端の配列はわかるが、その配列が何bpかは不明)をシークエンシングしたい場合、どう行うか。 (2)NCBIの配列に間違いがあるのか(人種やSNPなどではなく、大部分の配列)。 転写因子についての実験を行いたいので、配列がわからない、また増やせなければどうしようもありません。勉強不足ではありますが、未知exonならcDNAを使えば行けそうな気がしますが、intronはそうはいかず、またショットガンなどは大規模な処理装置が無い場合不可能と認識しております。配列および長さが未知のintronのシークエンシングは不可能なのでしょうか。何卒よろしくお願い申し上げます。 SAGE 遺伝子発現予想プログラムの、SAGEについて簡単に原理を教えていただけませんか?? それから、プロモーター同士の比較はSAGEではできないのでしょうか。たとえば、違うプロモーターを同じ組織で検索すると、その値は比較してもいいものなのですか?? 教えてください。 よろしくお願いします。 注目のQ&A 「You」や「I」が入った曲といえば? Part2 結婚について考えていない大学生の彼氏について 関東の方に聞きたいです 大阪万博について 駅の清涼飲料水自販機 不倫の慰謝料の請求について 新型コロナウイルスがもたらした功績について教えて 旧姓を使う理由。 回復メディアの保存方法 好きな人を諦める方法 小諸市(長野県)在住でスキーやスノボをする方の用具 カテゴリ 学問・教育 自然科学 理科(小学校・中学校)化学物理学科学生物学地学天文学・宇宙科学環境学・生態学その他(自然科学) カテゴリ一覧を見る OKWAVE コラム 突然のトラブル?プリンター・メール・LINE編 携帯料金を賢く見直す!格安SIMと端末選びのポイントは? 友達って必要?友情って何だろう 大震災時の現実とは?私たちができる備え 「結婚相談所は恥ずかしい」は時代遅れ!負け組の誤解と出会いの掴み方 あなたにピッタリな商品が見つかる! OKWAVE セレクト コスメ化粧品 化粧水・クレンジングなど 健康食品・サプリ コンブチャなど バス用品 入浴剤・アミノ酸シャンプーなど スマホアプリ マッチングアプリなど ヘアケア 白髪染めヘアカラーなど インターネット回線 プロバイダ、光回線など
お礼
ありがとうございました。でもちょっと分からない、ですね。