コロニーＰＣＲでインサートが右向きかと左向きを区別する方法について、片

質問

コロニーＰＣＲでインサートが右向きかと左向きを区別する方法について、片側のプライマーを挿入配列のものにするとはどういうことですか？また判別する他の方法があれば教えてください。

回答No.1

tunertune

図を書いてみてください。

言葉では説明しづらいのですが、
ベクターの配列に相補的なプライマーをFP、RP
インサートの配列に相補的なプライマーをFI、RIとします。
ベクター：ーーーFP　　　RPーーーに
インサート：FIーーRIをいれた時
1. ーーーFPFIーーRIRPーーー
2. ーーーFPRIーーFIRPーーー
ができます。
この時、FPとRIでPCRをして、目的のバンドがでれば1のように入っていると予想できますし、
逆にFPとFIでPCRをして、目的のバンドが出れば2のように入っていると予想できます。

他の方法としては、プラスミドを制限酵素処理する方法もあります。