分子生物学

質問

ＤＮＡシークエンサーでうまく塩基配列が読めません。ゲノムのせいではないかと考えます。何回やってもなにが悪いのか検討がつきません。うまく読めるやり方があれば教えてほしいです。

回答No.3

nayu-nayu

シークエンサーの使用記録を参照して、質問者さんの前後の研究者の方は読めてるのですか？

所属研究室で過去に塩基配列を読めたサンプルと同条件の物を調製して質問者さんの実験技法によりシークエンスは成功しましたか？ここ数日の間で。

回答No.2

oil-sour

状況が全くわかりません。
読めないと言っても、どう読めないのか、質問し直してください。

シグナルは出ているのか
ピークは見えるのか。
ピークが見えるのなら、混雑していて読めないのか、ピークがなまっていて（なだらかで）読めないのか。
ピークは等間隔で出ているのにすぐにとまってしまうのか。
ピークが出ていないのなら、ポジティブコントロール(kit
付属のスタンダード)を使っても同様か。

反応に使っているkit、サンプル精製方法、
サンプルの特性（繰り返し配列が多いのか、等）
またシークエンサーの機種名、versionも必要でしょう。

情報が少なすぎるので誰も何もアドバイスできないと思います。

回答No.1

bioxyz

直接のお答えではありませんが、シークエンサーの管理者の方に直接お聞きになった方が早く解決すると思います。

キャピラリーシークエンサーか古いスラブゲルタイプなのかメーカーはどこか、シグナルが全く出ていないのかどうか、解析ソフトの使い方や泳動条件設定に問題はないのか（使っている蛍光色素試薬の設定などはとても重要です）といった、お答えするための情報をここにまとめて記述するのは難しいような印象があります。

シークエンサーは機械自体数百万円する複雑で独特なものですから、機械購入時の説明を聞けなかった方は管理者に質問しても悪い顔はされないと思いますよ。私も大学に赴任したばかりの頃、機器センターの技官さんには大変お世話になりました。先輩や上司だとしても、質問することでよい関係を築けるはずです。ただ、何らかの理由で直接聞きづらいのであれば、上記のような状況をなるべく詳しく教えてください。