領収書が欠番してるということから、国税調査官が「？」と思うことは、その領収書が「不正加担してないか」という点です。
領収書に書かれた金額は、相手方（領収書を受け取った側）には、経費になります。経費になればそれだけ所得が減少して税金を免れる事ができます。
そのような不正（完全な脱税行為です）に使われていないかという点で、貴社よりも相手側を知りたいというのが調査官の心理です。
ですから、なくしたとか誤って捨ててしまった、というのは簡単に通用しない言い訳になります。それで通用しては、不正を暴こうとやっきになってる調査官の職務は意味がないからです。
領収書を連番にしてるのは、そういう不正にわが社は加担しておりまませんという意思表示です。
さて、そうした意思表示をしてる貴社があえて脱税加担をすることは、逆にいうと考えられないというべきで、調査官もそういう思考をすると思います。
今後、捨ててしまわないように気をつけましょう。
捨ててしまったのはしょうがないので、もし調査に入られて、調査官の目にとまってしまって追求されたら、素直に真実を述べるのが得策だと思います。
真実は伝わりますから、へたな小細工はしないことです。
他の方が回答されてるように、上司が一筆「捨ててしまいました」と記録を残しておくのも手だと思います。
ただ上司の一筆があることで「不正加担してる」という疑惑を抱かれないという保証にはならないことは承知しておくといいでしょう。
