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PCR法におけるエチジウムブロマイド添加
PCR法において、電気泳動を行う際にゲルにエチジウムブロマイドを添加してバンドを確認したところ、ゲル上部分のみ白くなりました。そのため、泳動バッファーにも同じ濃度のエチジウムブロマイドを加えたところ全体的にむらがなくなり見やすくなりました（全体的に薄く白い状態）。この原因として、全体に染色が行き届いたためでしょうか？やはりゲル及びバッファーにもエチジウムブロマイドは入れたほうがいいのでしょうか？ なにぶんエチジウムブロマイドは発がん性物質のため取り扱いが悪く、なるべく入れたくないのですが・・・
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エチジウムブロマイド（EtBr）は、正の電荷を持つので核酸とは逆に陰極に向かって泳動されます。そのため、ゲルだけにEtBrを加えた場合、ゲルの陽極側から順次EtBrがなくなっていきます。バッファーにも入れると、EtBrがバッファ中からゲルの中も泳動されるのでムラがなくなります。 EtBrは生きた細胞には取り込まれにくいので、通常使うくらいの量を通常の範囲の注意をもってあつかう分にはほとんど無害です（だからといって、素手をEtBrに突っ込むような蛮行はするべきではありませんけれど）。 ゲル、バッファにEtBrを入れずに泳動して、EtBrを希釈した液に浸けて染めるという方法もあります。ゲルの作製、泳動時からEtBrを加えないので、EtBrによる汚染の機会をずっと減らせますし、染色もよりきれいです。
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No.2のJaga39です。 すみません。大嘘こいてました。 蒸留水200mlにEtBrを20uLで１万倍が正しいです。何故こんな間違いを書いたかは我ながら謎ですが・・・
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早速、ありがとうございます。このEtBr量ならよいかもです。 早く試してみたいです。また、この様な質問した際はよろしくお願いしますね。
私もEtBrはゲルやバッファーには入れず、電機泳動後にEtBr溶液にゲルを浸けて染色しています。いろいろ試しましたが、この方法が一番染色が綺麗です。 染色液は蒸留水200mlにEtBrを200uLですから1000倍ですね。
お礼
ご回答頂きありがとうございます。やはり、後染めが綺麗なようですね。是非、試してみようと思います。でも、かなりの量のEtBrを使用するんですね。量が多いと危険ではないですか？
お礼
早速、回答頂きありがとうございます。EtBrの取り扱いにも心配がありましたので、少し安心しました。是非、泳動後の染色も試してみます。 おかげさまで、よい検討ができそうです。また、質問した際はよろしくお願いします。