耐震改修工事、業者の選び方を教えてください

質問

こんにちは。
長文での質問となりますけれども、どうか最後までお読みいただけますように、よろしくお願いいたします。

自治体（市町村）の「耐震改修工事等補助制度」を利用して、耐震改修工事を始めていくことを考えており、数日前に役所の建築指導課で面談をしてきましたが、OKWAVEで質問をさせていただきたく投稿しました。
＜ １つ目の質問です ＞
耐震改修工事に入る前に、複数の業者（工務店）さんの相見積もりを取りたいのですが、耐震診断だけで１０万円くらいかかると窓口で聞きましたので、相見積もりを取るタイミングを教えていただきたくお願いいたします。
役所の窓口で相見積もりを取るタイミングについて聞きましたが、相見積もりを取ることに反対するような答えしか返ってきませんでした。

どちらの市町村も同じ申請方法と存じますが、以下に申請が必要になるタイミング（実際に診断や工事が着手される前に申請）を書かせていただきます。

１回目：耐震診断補助申請
　⇒（審査・交付通知）【耐震診断 実施】 ⇒ 診断結果報告書
　⇒ 補助金請求 ⇒ 補助金交付

２回目：補強設計補助申請
　⇒ （審査・交付通知）【補強設計 実施】
　⇒ 設計報告書 並びに【耐震補強工事の意思決定】
　⇒ 補助金請求 ⇒ 補助金交付

３回目：耐震改修工事補助申請
　⇒ （審査・交付通知）【耐震補強工事 実施】
　⇒ 現場の確認・工事完了実績報告書 ⇒ 補助金請求 ⇒ 補助金交付

＜ 疑問点です ＞
相見積もりを取る場合、その都度、耐震診断を受けることは現実的とは思いませんし、１社が実施した耐震診断の結果をもとにして、他の業者（工務店）さんが補強設計をされるという場合にはどのようなタイミングで補助申請をするのか、多分、複数回での補強設計補助は受けることはできないと私個人では思っております。

＜ ２つ目の質問です ＞
建築指導課での面談の際、地元の業者一覧を渡されました。
全部で４７件の名簿があり、その内の１３件が「登録抹消届の提出により、空番」となっておりますので、都合３４件記載されております。

業者を見る限り、とくに大手という名前はありません。
自分だけで、名簿にあります３４件の中から決めることは難しく、どのように選考をしていったらよろしいかを教えていただきたく、よろしくお願いいたします。

最後までお読みいただきまして、ありがとうございました。