以下のとおりお答えします。
＞どのように構造分解すればいいのか教えてください。
＞Most important of all it is there, it exists, it is what constitutes underlying reality.
⇒この文の骨組みは次のとおりです。
１．強調のため副詞句が文頭に出ている、一種の「強調構文」です。
２．「SV＋ SV＋ SVC」という形で、３つの単文が連なる「重文」です。
全体の構造を解析すればこうなります。
Adv.M(Most important of all) Cl.1{it is there}, Cl.2{it exists}, 〈Conj.(and)〉Cl.3{it is [what constitutes underlying reality]}.
各部の構成要素を説明します。
・Adv.M(Most important of all)は、「何よりも重要なのは／重要なこととして」という意味の副詞句で、文修飾副詞句として、コンマ以下の全ての節を修飾しています。強調のための倒置が起こって文頭で出ています。なお、Adv.M は、Adverbial Modifier（副詞的修飾語）の略語です。
・Cl.1{it is there}, Cl.2{it exists} は、それぞれ「それはそこにあり、それは存在する」という意味で、どちらもSVの第１文型です。なお、Cl.はClause「節」の略語です。
・〈Conj.(and)〉は、Cl.1、Cl.2、Cl.3を結びつける等位接続詞andがこの位置に省略されていることを表します。「原文にはない」＝「省略されている」という意味で〈 〉で囲みました。なお、Conj.はConjunction「接続詞」の略語です。
・Cl.3{it is [what constitutes underlying reality]} は、「それは目に見えない現実を構成している（ところの）ものである」という意味で、SVC (C = what constitutes underlying reality）の第２文型です。whatは独立用法（先行詞を含む用法）の関係詞で、名詞節 what constitutes underlying reality「目に見えない現実を構成しているところのもの」を導いており、これが it isの補語となっています。なお、underlyingは underlie「下にある、基礎を成す、隠れていて見えない」の現在分詞の形容詞的用法で、直後のrealityにかかっています。
