アミノ酸のアラインメント

質問

アミノ酸のアラインメントの実験をしたのですが、配列のアラインメントの結果の記号の意味がわかりません。
＊は配列が一致していることがわかったのですが、：と．の意味がよくわかりません。

アミノ酸の性質に関係していると思うのですが…

回答お願いします。

回答No.1

Mr_Spock · ベストアンサー

性質の似たアミノ酸同士は、入れ替わってもタンパク質の性質は保存されるというのが基本にあります（同義置換）。性質が非常に近いもの同士（strong group)が「:」で、やや近いもの同士（weaker group)が「.」で表されています。その性質とは、たとえば、側鎖が非極性か極性か、極性であれば電離するかしないか、電離するなら酸性か塩基性か、などです。
Clustalの同義置換テーブルは以下のようになっています。
strong groups
STA
NEQK
NHQK
NDEQ
QHRK
MILV
MILF
HY
FYW

weaker groups
CSA
ATV
SAG
STNK
STPA
SGND
SNDEQK
NDEQHK
NEQHRK
FVLIM
HFY

お礼

回答ありがとうございます。

アミノ酸の具体例まで挙げてくださって、レポートを無事完成させることができました。