BLOSUMのstarburstモデルって何でしょうか?

質問

アミノ酸配列をアラインメントする時などに用いる,アミノ酸置換score行列に
ついて勉強しています.
そのアミノ酸置換score行列の1つにBLOSUMがありますが,
その作成の際のコンセプトになってるらしい,
starburstモデルというのがさっぱり分かりません.
これはどのようなモデルなんでしょうか?

回答No.3

noname#211914 · ベストアンサー

自信がありませんが、以下の参考URLを参考なりますでしょうか・・・？
この中で「Models, Statistical」等の記載もあるようですが、rei00さんの指摘のように「Introduction」「Reference」を見て下さい・・・？

さらにこの右上の「Related Articles」をクリックすると106件表示されます。
⇒表示タイトル・アブスト中には「starburst」の記載はないようですが・・・？

蛇足ですが、
●http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/~shimizu/bioinfo/homology.html
（アミノ酸配列のスコア行列）
●http://www.igaku.co.jp/Bioinformatics/BioInfo1.htm
（バイオインフォマティクス）
●http://a-yo.ch.a.u-tokyo.ac.jp/2000/reikai3/shimizu.html
（コンピュータを用いたタンパク質の立体構造予測）

ご参考まで。

ご参考まで。

参考URL：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/htbin-post/Entrez/query?uid=91269329&form=6&db=m&Dopt=r

回答No.2

rei00

rei00 です。お礼拝見しました。

　先の私の回答，少し説明不足だったようですね。確かに「starburst」を直接探そうとすると難しいようです。

　「BLOSUM」で検索して下さい。１２件ヒットしますが，その殆どがお書きのアミノ酸置換の程度を数値化する手法に関するものです。これらの文献を読めば，Introduction 部分や Reference から何か情報が得られるのではと思うのですが・・・。

回答No.1

rei00

直接の回答ではありませんが，「PubMed」（↓）で「BLOSUM」を検索すると１２件ヒットしました。これらの論文を御覧になれば情報が得られるのではないでしょうか。

参考URL：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi

お礼

回答ありがとうございます.
早速PubMedで論文検索してみたのですが,
starburstとalignmentをキーに検索してみたところ,
悲しいことにnatureからの宇宙についての論文1件のみが
ヒットしてしまいました.
(starburst AND BLOSUM はヒットしませんでした)

これはもう,私の質問のキーワードの出所が怪しいという
事なのでしょうか?