ＤＡＰＩによる二本鎖ＲＮＡの検出について

質問

大学院修士一年です。
現在、RNAの二本鎖形成部位をDAPIで検出するという実験を行っているのですが、なかなかうまくいきません。教えていただきたいことは、以下です。
１）in vitroの系で二本鎖の核酸を検出する場合、DAPIは何に溶かせば　　いいのか（現在、水に溶かしているが、水は安定性が低いらしいで　　す）。
２）本当に二本鎖部分のみを検出しているのか（RNA鎖の長さに依存　　して蛍光が増強している気もする）。
３）RNAは、冷凍保存から溶かすだけで、適切な高次構造をとるのか。

以上、お詳しい方、お願いします。

回答No.1

Drgorilla

DAPIでRNAを検出できるのを知らなかったので、少し調べてみました(http://ja.wikipedia.org/wiki/DAPI )が、RNAに関してはDNAに対する蛍光の増大(約20倍)に対して、かなり低い（約1.2倍）そうです（http://probes.invitrogen.com/media/pis/mp01306.pdf ）。
検出方法にもよりますが、簡単ではなさそうな印象です。
類似の実験を行った論文に沿うのが近道かと。