一本鎖核酸のモル吸光係数の算出

質問

配列が既知のオリゴDNAの濃度を260nmのODを用いて求めたいのですが、正確な吸光係数の算出法を教えていただけないでしょうか？

蛋白質の場合はtyrとTrpとS-Sの数から求めると思うのですが、それと同じようにA、G、G、Cの含まれている数から求める式を教えてほしいです。できれば参考文献をつけてもらえるとありがたいです。よろしくお願いします。

回答No.1

geneticist12 · ベストアンサー

E=A(15.3)+G(11.9)+C(7.4)+T(9.3)
A,C,G,Tはそれぞれの塩基数
Eはextinction coefficient（吸光係数）で、1 OD260あたりのug/mL濃度に相当します。「Molecular Cloning」のAppendixで引いてきましたが、各種実験書、試薬カタログ類などのAppendixなんかでも見つけられると思います。

また、合成オリゴをオーダーすると、納品時に使用説明書としてその辺の資料をつけてくる会社も多いと思います。今手元に、インビトロジェンのそれがありますが、ACGT以外のヌクレオチド(IとかUなんか）も出てますよ。

お礼

早速算出したところ、文献値に近い値が出せました。近々合成オリゴを注文する予定ですので確認してみたいと思います。

助かりました、ありがとうございました。

回答No.2

noname#246619

No.1の方の回答で良いと思いますが、"正確な"吸光係数というのは難しくて、二次構造や塩濃度、pH、もしかしたら一次配列によっても変わってきますので注意してください。
私の場合、若干不正確であることを承知しつつ、No.1のやり方、または単純にμgに直して分子量で割るというやり方で満足しておく感じです。

もし本当に正確にモル数を出すのならばモノマーに分解して測るという手段があります。

お礼

勉強になりました。参考にさせていただきます。
回答ありがとうございました。