oligo(dt)15 Primerの配列は、単にTを15個つなげた配列でいいのでしょうか？

質問

私は今、ＲＴ－ＰＣＲを行っています。
現在はOligo(dt)15プライマーを使って逆転写をしているのですが、このプライマーはなかなか高価ですよね。
なので自分でOligo（dt）プライマーを設定して注文すればかなり安いと思ったのです。

そこで質問なのですが、このプライマーの配列は「ＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴ」で注文してしまっていいのでしょうか？

回答よろしくお願い致します。

回答No.1

geneticist12 · ベストアンサー

RTのあとのPCRのデザインによってはそれで良いですし、これまで使ってこられたのもそういうプライマーだったのかと思いますが、どうせオーダーメイドなら一工夫しても良いと思います。

これが効いてくるのは、特に3'RACEのときで、Gene specific primer対でPCRするだけならあまり関係ないのですが、

1. 5'-(dT)n-(A or C or G)'とか、 5'-(dT)n-(A or C or G)-N-3'のように、3'末端の1～2塩基ををdegenarateする。こうするとoligo-dTがpoly-A tailの根元に付いたものだけのcDNAが逆転写される。単純に(dT)nだけだと、poly-A tailのいろいろな位置からプライミングされてしまうため、長さが微妙に異なるPCR産物の混合物になってしまう。なお、3' RACEにoligo dTをプライマーを使うときも、このようにdegenerateしたものを使ったほうがよい。

2．(dT)nの5’側にユニークなアンカー配列をデザインする。(dT)nだけだとTmが低くすぎて、PCRに支障をきたす。また、アンカー配列に対するプライマーを使えばよりreliableだし、必要ならnested PCRもできて便利。

clontechのMarathon kitのプライマーデザインが参考になるかと思いますので、マニュアルpdfのリンクをはっておきます。なお、プライマー合成のとき、degenerate nuleotideを入れるのは、ふつう追加料金なしです。

参考URL：

http://www.clontech.com/clontech/techinfo/manuals/PDF/PT1115-1.pdf

お礼

とってもわかりやすい回答をどうもありがとうございました。
教えていただいたプロトコルを見ると、とくに修飾なくそのままTの配列を並べた設計でよいみたいです。
さっそく設計してプライマーを注文してみます。