RT-PCRのランダム，オリゴdTプライマーについて

質問

今度RT-PCRを使用しようと考えております．
そこで疑問なのですが，1st cDNAの精製の際に
使用するランダム，オリゴdTプライマーなのですが
両方の特性を考えると長いRNA上流に目的配列が
無いときやGCリッチがないときはオリゴdTプライマー
の方がいいような気がします．
しかし，他者の論文その他を読みますと
自分と同じような系で
ランダム，オリゴdTプライマーを使用している方が
半々ぐらいいます．金額的にもオリゴdT，ランダム
プライマー共に変わりません，何かランダムにする
理由が考えれますでしょうか？
宜しくお願いします．

回答No.1

geneticist12 · ベストアンサー

うまくいけばどちらでもいいのですが、、、、
私の経験では、定量的な目的ではランダムプライマーのほうが、再現性の高い結果が得られます。
アイソトープを使って合成をモニターするとわかるのですが、逆転写の効率、つまり1stストランド合成効率はRNAサンプルごとに振れやすく、それに対して2ndストランド合成効率はほとんど振れません。あとで内部コントロールで補正するにしても、いかにRTの効率を高く安定させるかが、再現性のよい定量PCRを行うためのポイントといえます。その点、ランダムプライマーはオリゴdTプライマーに比べ、RTの効率は数段良く、サンプルごとの振れも最小限に抑えられます（オリゴdTだと、下手をすると一桁くらい合成効率が振れることがあります）。

お礼

有難うございます。
初心者からすると、ランダムプライマーの方が
定量性がないような気がしますが、
そのような理由からランダムプライマーを用いている
ヒトが多いのですねとても参考になりました。