プラスミドの精製

質問

プラスミドを精製し、EcoRIで処理しました。これをアガロース電気泳動したところ、＋極側に色素入りのバンドが見えました。これはプラスミド以外の分子なのか、何らかの試薬の残留物なのでしょうか？
ちなみに使用した試薬は、Soln.1(glucose,Tris-HCL,EDTA)、Soln2(NaOH,SDS)、Soln3(CH3COOK,CH3COOH)、イソプロピルアルコール、エタノール、TEバッファー、TAEバッファー、RNase溶液、アガロースゲル染色液です。

回答No.3

Penfield

uv下でも見えるバンドなら、RNAが完全に消化されていないのでは？

回答No.2

TCA

＃１の方も書かれていますが、可視光の下で見えるバンドでしたら、ローディングバッファーにどのような色素が入っているか調べてみてはいかがでしょう。
市販されているローディングバッファーでよく見かけるのはキシレンシアノール（ＸＣ）、ブロモフェノールブルー（ＢＰＢ）、オレンジG（ＯＧ）です。電気泳動すると、ＸＣは約4kb、ＢＰＢは約300bp、ＯＧは約50bpの移動度を示します。

回答No.1

methyl

「色素入りのバンド」というのが何を指すのかはっきりわかりませんが、UVを当てなくても見えるバンドということなのでしょうか？それは、泳動前にサンプルと混ぜたローディングバッファーに含まれるBPB(ブロモフェノルブルー；濃青)かXC(キシレンシアノール：水色)ではありませんか？？

補足

UVを当てなくても見えました。