牧会の牧は牧畜の牧ではなく、牧師の牧かと思われます。
プロテスタントの司祭(?)さんを「牧師」と呼びますよね?
牧会書簡は教会とは本来どうなのか、で、現状はどうよ?
って言う内容の
(端折り過ぎでしょうか?)もので、キリストの教えに帰る(=プロテス
タントで言う聖書へ帰る)と言った意味合いから名づけられたのではと
推測します。あくまでも推測ですが。
(補足)
教会の発展に奢った神父達が免罪符の発行等による道徳的な犯罪を
行い、ルターらが宗教改革を行い「キリスト教ってそんなもんじゃ
ないだろう?聖書さえあれば教会なんか無くったって牧場でも教えは
説けるんだ」といったところからプロテスタントの神父さんを牧師と
呼ぶようになったと記憶しております。(ルターが言ったわけではな
いと思いますが)
牧会書簡と名づけられたの自体が、18世紀の頃だそうなので、上記の
理由も通るかと思います。(参考URL参照)