MAPKのERK5について

質問

現在、虚血の際活性化するERK5の論文を読み、聴衆に発表する為のスライド作成をしています。
ERK5が他のERKと一次構造でC末がこんなに長いのよ、という事を視覚に訴える為、よい一次構造をネット上で探しているのですがいいものが見つかりません。

求めているものは、アミノ酸配列が細かく表記されていなくてもよいので、ERK1/2やJNK,p38と比較した模式図的なものか、アミノ酸配列を比較し、同じアミノ酸は黒枠、似たアミノ酸は灰色・・・みたいな相同性が一目で分かるもののどちらかです。

ERK5の初期論文のFigでは、少し分かりづらく、また私の力不足でうまく自作の模式図がかけません。更に専用ソフトが無い為上記の後者のような図もかけず。

何かよいアドバイス、もしくは参考になるサイトなど、あれば教えていただけるとうれしいです。

回答No.3

takakokoreo

>アミノ酸配列を比較し、同じアミノ酸は黒枠、似たアミノ酸は灰色・・・みたいな相同性が一目で分かるもの

は、
自分でエクセルで作れるんじゃないですか？
アミノ酸配列のテキストファイルがあれば、各アミノ酸の間に「Tab」を入れて保存後、拡張子を.xlsにして、チョコチョコいじればいいと思うんですが。

回答No.2

noname#17364

こんにちは。
　直接の回答ではありませんが、こういうときはとにかくreviewをかたっぱしから当たってみることです。そのなかから使えそうなヤツをピックアップしてはいかがでしょうか。ネット上でっていうのは、ちょっと難しいかもしれませんよね・・。マニアックすぎて。

回答No.1

yuyu2003

BLASTで配列比較するのでは不十分なのでしょうか?

参考URL：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/