※ ChatGPTを利用し、要約された質問です（原文：NJ法について）
アミノ酸配列の系統樹作成におけるNJ法の特徴と制約について
このQ&Aのポイント
NJ法を使ってアミノ酸配列の系統樹を作成する際に、アミノ酸の性質や構造的な情報が完全に無視される可能性があります。
塩基の置換やアミノ酸の欠落によって酸性や疎水性などの性質の差が出ても、NJ法では関係なく系統樹が作られます。
NJ法を進めるかどうかについては、ソフトの詳しい機能を理解する必要があります。
手元にあるアミノ酸配列をclustalWにかけ、TreeViewを使いNJ法で系統樹を書きました。
そこで質問なのですが、この方法だとアミノ酸の性質の情報は完全に無視されると考えてもよいのでしょうか？
また、置換された塩基がタンパク質の活性化部位など重要な部位に対応しているかどうか等の構造的な情報も無視されているのでしょうか。
距離行列を利用して系統樹を書くNJ法では、保存されていないアミノ酸は性質の差（酸性、疎水性など）、構造的な位置情報に関係なく系統樹が書かれると思っているのですが、ソフトの詳しい機能を理解できていないため、このまま考察を進めても良いのか自信がありません…。
詳しい方いらっしゃいましたら、アドバイスをお願いします。
お礼
丁寧なご回答ありがとうございました。 挙げてくださったURLも参考にさせていただきます。