アミコンウルトラによる104bpのｃDNA精製

質問

PCR産物である104bpのｃDNAを
アミコンウルトラ0.5 mL 遠心式フィルター50Kデバイスで精製しています．
以前はマイクロコンYM-50で精製していました．
すると以前と比べて収量が非常に少なく（10分の1程度）なりました．
何か改善点はないでしょうか？

プロトコルは以下で行っています．

前洗浄＊2　500 μｌ　sH2O　遠心12000ｇ　2min
↓
精製1　200μｌ　cDNA + 300 μｌ　sH2O 遠心12000ｇ　2min
↓
精製2　+ 400 μｌ　sH2O 遠心12000ｇ　2min
↓
20 μｌ　まで濃縮
↓
吸光度測定

回答No.1

tir70

チェック項目を2点ほど．

(1)以前に比べてcDNAの生成量自体が何らかの原因で減っていたりしませんか？

(2)YM-50からアミコンウルトラへの変更に伴い、cDNAがアミコンウルトラの限外濾過フィルタを通過していたりしませんか？cDNAがすっぽ抜けでは？