ＰＣＲによる未知遺伝子の解析

質問

構造不明の遺伝子を解析する際にもＰＣＲがよく用いられています。
　そこで質問ですが既にわかっている部分配列よりデザインした１つのプライマーでいきなりシークエンスして配列を読みそこからまたプライマーをデザインし、これを繰り返して構造解析はできないのでしょうか？簡単にできてしまうように思うのですが・・・・まだまだ無知なものでおそらく現在そのような解析方法を本で見たことがないので何か重大な欠陥があると思うのです。

回答No.1

courreges · ベストアンサー

（使われている単語から，taketaketakeoさんが基礎的な知識およ
　びシークエンシングの原理をご存知と思われるので，説明なし
　に専門用語を使用しました）

「いきなり」シークエンスするということは，ゲノムDNAをテンプレートにすることをさすのでしょうか？だとすれば，質問内容の方法での問題点はいくつかあります．１つはプライマーの非特異なアニーリングです．シークエンシング反応を行うとき，テンプレート（未知の遺伝子を含むDNA）中の複数カ所にプライマーが結合すれば同じ長さの異なる産物が生成されます．異種のシグナルが同時に生じるため，これをシークエンサーで解析してもピーク（もしくはバンド）が混在し正しい配列が読み取れません．かといって，「絶対特異的」プライマーのデザインは現実的ではありません．ですから，まず未知の遺伝子のcDNAをクローニングし，これをテンプレートとしてDNA配列を調べる手順をとったほうが正確で速いと思います．

お礼

非特異なアニーリングとは気づきませんでした。なるほどそうなるとシークエンスの結果がめちゃくちゃになりますね。ありがとうございました。すっきりしました。