アミノ酸に疎水性親水性について

質問

アミノ酸の疎水性親水性の強度を示す数値などってありますか？教えてください。ネットで調べていたらhydropathy indexやLogPといった指標はありそうですが、あっているかわかりません。

回答No.1

しくみ（@Ndilo）

こんにちは。

疎水性の指標として
「hydropath index（疎水性指標）」もlogP（分配係数）も両方使われています。
例えば、タンパク質の二次構造とかを予測するのにも
「hydropathy index」と「logP」の両方の数値を使って解析しているようです。

使用目的と出でくる結果で使い分けしているようですね。

では、参考まで。

お礼

ありがとうございます。蛋白の二次構造の予測に使うのですね。
実は再度質問をさせていただいたのですが、

実験であるタンパク質の特定の残基のアミノ酸置換を行った変異体(たとえばある蛋白Met200残基をAlaやGlｙなどに置換しました変異体)を構築しました。
その変異体の活性測定を行い、置換後のアミノ酸の疎水性＆親水性と活性測定値の相関関係を得たいと考えています(たとえばM200A変異体のAlaの疎水性を数値化、M200G変異体のGlｙの親水性を数値化し活性測定値と比較して、変異導入によるアミノ酸の親水＆疎水性の強弱が活性値に影響するか検討したいのです)。もし知っていれば、アミノ酸20種の疎水性＆親水性の傾向を表す数値などがあれば教えてください。hydropathy indexが使えると思ったのですが、これは二次構造予測などに使うのであれば、現在、私が行おうと思ってる、置換残基毎の活性値との相関関係を得るには適用できないと考えています。
教えていただいた数値をX軸、活性測定値をY軸として表を作成しようと考えています。