アミノ酸の疎水性と親水性を数値化
アミノ酸20種の疎水性&親水性の傾向を表す数値などがあれば教えてください。
実験であるタンパク質の特定の残基のアミノ酸置換を行った変異体(たとえばある蛋白Met200残基をAlaやGlyなどに置換しました変異体)を構築しました。
その変異体の活性測定を行い、置換後のアミノ酸の疎水性&親水性と活性測定値の相関関係を得たいと考えています(たとえばM200A変異体のAlaの疎水性を数値化、M200G変異体のGlyの親水性を数値化し活性測定値と比較して、アミノ酸の親水&疎水性の強弱が活性値に影響するか検討したいのです)。そこでアミノ酸20種の疎水性&親水性の傾向を表す数値などがあれば教えてください。hydropathy indexが使えると思ったのですが、これは二次構造予測などに使うとなっていたので、現在、私が行おうと思ってる、置換残基毎の活性値との相関関係を得るには適用できないと考えています。
教えていただいた数値をX軸、活性測定値をY軸として表を作成しようと考えています。
お礼
回答ありがとうございます。 かなり役にたちました。