群平均法（UPGMA法とmountford法）について

質問

クラスター解析（群平均法）を行い、デンドログラムを作成する方法について悩んでいます。
群平均法について調べてみると、UPGMA法が主流のようでした。ですが、野外の植生や動物のデータから求めた類似度指数からはmountford法でデンドログラムを作成していることも多いようでした。
そもそも、UPGMA法とmountford法では何が違うのでしょうか？

現段階では、野外データの類似度からデンドログラムを作成したいので、mountford法の方が良さそうだと思っているのですが、UPGMA法の方が適しているのでしょうか？

また、mountford法を使用するならば、手作業で計算することになりそうなので途方に暮れています。エクセル統計2007は使えるのですが、パソコンに詳しくないので、マクロ等はほとんど使用できません。

分からないことだらけで申し訳ないのですが、どなたかご教示よろしくお願いします。

回答No.1

ur2c

Cluster 分析は大昔に使ったことあるなぁ、程度の素人です。

Mountford は類似度で、UPGMA は clustering 法だったような。なら、互いに独立な話で、両方を使えば良いのでは？

もしもそれが正しいなら、R
http://ja.wikipedia.org/wiki/R%E8%A8%80%E8%AA%9E
を使えば樹状図まで描いてくれます。

R の Mountford については
http://cc.oulu.fi/~jarioksa/softhelp/vegan/html/vegdist.html
に説明があります。

UPGMA については R で
help(agnes,package="cluster")
とすれば、説明が出ます。

樹状図の描き方など clustering 一般については R で
help.search("cluster")
とすれば、説明が出ます。

まず、それらの説明を読んでみては？

使うことにしたら、R に関する質問はここより
http://www.okada.jp.org/RWiki/
でした方が良いです。

「パソコンに詳しくない」を言い訳にするより、この際、詳しくなってしまえば一生の財産です。

お礼

ご返答ありがとうございます。
やはりRは使えた方がよさそうですね。
前途多難ですが、これから少しずつ勉強させていただきます。
とりあえず、手計算とRの勉強を並行してやっていこうと思います。
mountfordやUPGMAの資料についてはもう少し探してみます。
参考サイトまで教えていただき、ありがとうございました。