エクソンの境目について

質問

ｃＤＮＡの配列データーだけで、エクソンの境目が分かる（又は推定できる）方法はあるのでしょうか？
現在ある遺伝子について解析しているのですが、まだｃＤＮＡの配列しか公開されていません。どの位置でスプライスされるのか知りたいのですが、良い方法はあるのでしょうか？

回答No.1

noname#378

目的のものと類似のタンパクがあり、それについて遺伝子の構造がわかっていれば、対応する場所でスプライスされている場合が多い（ほとんど？）と思います。

また、機能の異なるドメインは別のエクソンに由来することが多いので、それらの境界あたりにスプライス部位がある可能性が高いでしょう。ドメイン構造はSMART（参考URL）などで調べられます。

もしこの情報が必要な理由が、RT-PCRのプライマーをイントロンをはさんでつくりたいからでしたら、上の方法などで適当にあたりをつけて作ったプライマーでcDNAとゲノムDNAをテンプレートとしてPCRをかけてみて、ゲノムDNAからはcDNAの時と同じ長さの産物ができなければOKです。

参考URL：

http://smart.embl-heidelberg.de/

お礼

返事が遅くなり申し訳けありませんでした。
”機能の異なるドメインは別のエクソンに由来することが多い”事を何年も遺伝子の研究をしていながら、すっかり忘れていました（と言うより、知識として知っていながら今回気が付いていませんでした）。
この助言を参考にしながら探索を進めていきたいと思います。
ありがとうございました。